有孩子没有结婚证。但是已经分居三年了。

您提到有孩子没有结婚证且已分居三年，这种情况下孩子的抚养权归属首先由父母双方协商确定。
如果或若双方能就孩子抚养权达成一致，比如约定由一方直接抚养、另一方支付抚养费并享有探望权，则可签订书面协议明确权利义务。
如果或若双方协商不成，任意一方均可向法院提起诉讼，法院会根据子女的最佳利益原则进行判决，主要考虑以下因素：
1. 父母双方的经济条件和抚养能力，例如稳定的收入来源、居住环境等；
2. 子女的年龄，不满两周岁的子女一般优先由母亲抚养，已满八周岁的子女会尊重其真实意愿；
3. 子女的健康状况、性别以及与父母的感情亲密程度等；
4. 父母双方是否存在不利于子女成长的不良行为，如虐待、遗弃、赌博、吸毒等。
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针对您有孩子没有结婚证且已分居三年的情况，关于孩子抚养权的法律依据主要来自《中华人民共和国民法典》。
《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条规定：“非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或者个人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或者生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。”第一千零八十四条第三款规定：“离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。”
您的情况中，虽然没有结婚证，但孩子属于非婚生子女，其抚养权确定适用上述法律规定。您与对方已分居三年，若协商不成，法院会依据上述条款，结合双方的经济能力、抚养条件、孩子的年龄及意愿等具体情况，按照最有利于孩子成长的原则来判决抚养权归属，不直接抚养孩子的一方需支付抚养费。
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结合您有孩子没有结婚证且已分居三年的情况，以下是几点实用的行动建议，帮助您处理孩子抚养权问题。
1. 优先尝试协商解决：主动与对方沟通孩子抚养权及抚养费问题，争取达成书面协议。书面协议需明确抚养权归属、抚养费金额、支付方式、探望时间及方式等，协商过程中尽量从孩子健康成长角度出发，避免冲突。
2. 收集相关证据材料：收集能证明自己抚养能力的证据，如收入证明、居住证明（房产证或租赁合同）、学历证明等；同时收集孩子日常生活照片、视频，证明与孩子的亲密关系；若对方存在不利于抚养的情况，如不良嗜好、虐待行为等，也需收集相关证据。
3. 咨询专业律师：向律师详细说明您有孩子没有结婚证且已分居三年的具体情况，律师会根据法律规定和实际情况，为您提供专业的法律意见，指导您如何协商或诉讼，以及如何准备证据材料。
4. 考虑孩子的意愿（如孩子年满八周岁）：与孩子进行温和沟通，了解其真实想法，并在协商或诉讼中适当反映孩子的意愿，但需注意方式方法，避免对孩子造成心理压力。
选择解决方案时，应重点考虑哪种方式更有利于孩子的身心健康和稳定成长，同时兼顾自身的实际情况和法律可行性。如果您在协商过程中遇到困难或对诉讼流程不熟悉，建议及时联系专业律师进一步咨询。
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您有孩子没有结婚证且已分居三年，在处理孩子抚养权问题时，可能会面临以下法律风险点。
1. 证据链不足的风险：如果您向法院起诉争取抚养权，但无法提供充分证据证明自己的抚养能力或对方不适合抚养，可能导致法院判决对您不利。例如，您声称自己收入稳定却无法提供工资流水、劳动合同等收入证明，或者您指控对方有赌博恶习却没有提供报警记录、证人证言等证据，法院可能因证据不足而不支持您的主张。
2. 子女心理健康受影响的风险：在抚养权纠纷过程中，如果双方矛盾激烈，频繁争吵、诉讼，可能会让孩子处于紧张、焦虑的环境中，影响其心理健康。例如，双方在孩子面前互相指责、诋毁，或者在探望问题上反复扯皮，会让孩子感受到家庭破裂的痛苦，甚至产生自卑、叛逆等心理问题。